Tamo gde je prethodni deo stao novi deo Tropa de Elite nastavlja svoj krvavi pir. Posle haosa i pobunjeništva u zatvoru, koji kapetan Nascimiento uspešno ili manje uspešno rešava, dobija zaposlenje u staklenoj kocki na samom vrhu Rio De Ženeira: kao šef unutrašnjih poslova. Suočen sa beskurpuloznom korupcijom na svakom nivou, sagledavajuću Brazilsko društvo I tokove novca I kriminala u celini, on će neke stvari preuzeti u svoje ruke pokušavajući da promeni sistem koji ga lako može progutati.