Glavni junak filma je Thomas Anderson, skromni strucnjak u softverskoj industriji, koji vodi dvostruki zivot. Svake noci vreme provodi pred kompjuterom kao haker pod nadimkom Neo, pokusavajuci nesto sto ga muci, iako nema pojma o cemu je rec. Iznenada u njegov zivot dolazi tajanstvena Trinity, koja ga vodi do jos tajanstvenijeg Morpheusa, tipa koji je sve vreme pokusavao pronaci Nea. Nakon kraceg ganjanja s tajanstvenim ljudima u crnom, koje vodi opaki agent Smith, Neo konacno dolazi u kontakt s Morpheusom koji mu nudi otkrivanje istine o Matriksu.
